第一节：医药企业如何进入税务稽查视线——风险推送&转办移交
根据《税务稽查工作规程》、《税务稽查案源管理办法（试行）》等的规定，税务机关对案源（税收违法案件的来源）的选取以风险管理为导向，由稽查局归口管理，从案源的来源上归类，一类为税务系统内部确定的案源，一类为公安、审计、纪检等外部转办的案源，一类为检举案源。
一、税务系统内部案源——风险推送、协查、上级交办（督办）
1、纳税评估、风险推送、随机抽查异常名录库
税务局在税收管理过程中，通过对企业的各项数据信息进行收集，根据各行业税负监控结果等数据设立评估指标及预警值。对企业数据信息的收集，包括企业申报信息，如税务登记、发票领用、税收优惠、企业财务报表等；与统计、科技、工商等各部门的信息交换获取的企业涉税信息；公开资料采集的企业信息等。基层税务机关通过对上述数据的分析，根据行业不同设定评估指标，一般采集同行业近三年平均水平数值作为参照指标，设立预警值，推送风险。例如，对医药制造业进行评估时，列出同行业同期企业的费用率、增值税税负率、企业所得税贡献率等指标，评估企业是否存在不计或少计收入、多列成本费用等问题。
通过纳税评估等方法，税务机关对日常管理中发现的指标异常企业，存在偷、逃、抗、骗嫌疑的移交稽查局；风险管理部门通过类似的分析识别方法推送高风险纳税人风险信息；市一级及以上稽查局综合考虑纳税规模、所述行业、分布区域等因素建立随机抽查对象名录库，并将风险等级高、长期纳税申报异常、被相关部门列为违法失信联合惩戒的纳税人列入随机抽查对象异常名录。
2、协查、上级税务机关交办或督办
稽查局对需异地调查取证的发票可以委托有管辖权的稽查局，发送《税收违法案件协查函》，由此形成受托方稽查局的案件来源。在接到的医药行业涉税案件咨询中，相当比例案件由协查引发。此外，国家税务总局、上级税务局以交办函、督办函的形式下发案源。例如，2017年度，国家税务总局稽查局关于医药行业开展专项整治工作，下发疑点数据要求各地稽查局予以落实。
二、外部案源——转办、检举案源
稽查局案源信息的来源中，公安、审计、纪检监察等外部单位在查处其他违法行为时，可能牵出涉税违法行为，移交稽查局。例如，2016年食品药品监督总局对药品流通领域违法经营行为进行整治，其中对“购销药品，票、账、货、款不能相互对应一致；药品为入库，设立账外账，使用银行个人账户进行业务往来”的检查，将可能查处药企虚开发票、少计不计收入偷税等涉税刑事行政责任风险，移交税务部门。2019年7月财政部对医药行业会计信息质量的工作检查，因对费用、成本、收入真实性的检查均会涉及发票，也将引发药企存在涉税行政、刑事责任风险，从而移交税务部门稽查立案。
第二节：制药企业的税务稽查重点与稽查方法
国医改办发[2016]4号正式明确在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”，“两票制”要求药品在生产企业到流通企业开一次发票，流通企业到医疗机构开一次发票。在医院招标环节，要求医疗机构不仅要索要第二票，而且要求流通企业提供第一票的复印件，两票相互印证才可入库。“两票制”的推行深刻影响医药行业企业的涉税风险格局，将原来通过七票、八票“过票”“洗出销售佣金”的压力集中传导到制药企业，由于医药行业处于买方市场，销售佣金、商业贿赂在现行医疗体制下无法避免，制药企业在发票开具环节只能转“低开”为“高开”，一方面，销售费用激增，另一方面，获取进项发票合规抵扣成本压力增大。
一、核查企业各项费用发生的真实性，确定是否以虚增费用方式套取现金
“两票制”压缩了开票链条，但并未根本改变药品处于买方市场的销售模式，药品销售人员的佣金、医生等的回款依然需要以各种费用的名义进入企业核算体系，费用列支的依据之一即为企业虚增的费用。对费用的检查包括：咨询费、会议费、住宿费、差旅费、业务招待费、广告费、业务宣传费、研发费用。稽查方法包括：
1、核查费用报销制度、销售费用列支政策
2、将期间费用与主营业务收入进行比较，判定期间费用列支是否合理，找出多列费用的疑点
3、提供营销人员报销的销售费用
4、核查管理费用、销售费用明细账
5、核查发票、合同、银行付款凭证、费用报销单
6、核查发票内容与会议日程、参会人员、会议地点等要素是否相符
7、广告和业务宣传费发生额是否相对稳定，增长较快且无新产品投放市场的情况下，可能存在虚增广告和业务宣传费
8、结合个人所得税的申报核查研发人员的工资、薪金支出；核查企业从研发立项到成果转化的过程控制；关注研发费用列支项目是否合理；是否将其他有比例扣除费用挤进研发费用中全额扣除
二、分析比对农产品收购进项比率，确定是否存在虚开农产品收购发票
“两票制”下，医药制造/生产企业可能通过虚开农产品收购发票、虚增进项抵消“高开”必须承担的增值税及企业所得税税负。就制药企业而言，生产经营正常、产品稳定、药材市场稳定的情形下，药材购进也应相对稳定，稽查局可能通过测算农产品收购进项税额占所有进项税额的比例，判断制药企业是否存在虚开农产品收购发票、虚增进项的问题。
制药企业的虚开发票风险，还在于容易受到上游药材贸易公司的牵连，若上游药材贸易公司涉嫌虚开，则制药企业作为下游受票企业，则可能会受到牵连，由上游稽查局发出《已证实虚开通知单》，要求制药企业主管税局协查。
三、是否通过医药服务商（医药咨询公司）接受虚开增值税专用发票
“两票制”下，制药企业的开票合规问题，大多数通过将营销服务外包方式，由CSP/CSO等咨询服务公司解决。2018年9月份，湖北省税务局对医药咨询公司的大检查使该种业务模式面临的虚开风险激增。稽查方法主要包括：
1、核查服务费、咨询费发票对应的合同，记账凭证、发票记账联、服务达成的证明材料
2、制药企业同第三方咨询公司存在关联关系的，核查实际控制人等的银行账户资金流水，核查是否存在资金回流
3、检查企业是否建立了推广服务商选取等内控制度
4、医药咨询公司是否存在提供服务的能力，详细说明医药咨询公司提供咨询服务、会议服务、市场推广服务、广告服务等的业务流程
第三节：制药企业如何有效应对税务稽查
一、服务商的合规才能带来制药企业的合规
两票制后，制药企业通过医药咨询公司接受大量的咨询费、服务费等发票，由于制药企业与服务商合作的紧密性及具有的关联关系，制药企业应建立内控制度，建立服务商选取制度；与服务商之间的交易应从真实性、合法性、关联性角度尽到合理注意义务及审查义务，制定格式合同，注重服务证据链的完整性与真实性。
二、及时自查自纠，通过听证等方式充分申辩意见
根据《税务稽查工作规程》的规定，税务稽查必须经历选案、检查、审理和执行四个基本程序，每个程序都必须按照工作规程的规定。企业在接到《税务事项通知书》后，一方面应及时进行自查自纠，与税务机关沟通协调，确有少缴、未缴税款情形的，及时补缴税款及滞纳金；另一方面，应注重留存稽查部门是否按照法定程序出示相关通知书，是否按照电子数据取证规范、账簿调取规范、银行流水查询规范等要求检查相关证据。经检查后，若检查部门认为企业存在税收违法事项的，向企业下达税务行政处罚事项通知书，企业应提出书面听证申请，通过听证程序陈述、申辩。
三、与税务机关保持良性沟通，避免虚开移送刑事风险
税务稽查程序中，企业应当积极配合税局提供证明业务真实发生、费用真实发生的合同、记账凭证等原始资料，与稽查局保持良性沟通，必要时可寻求专业税务律师介入，通过提交书面的申辩意见、整理证据清单、证据材料等方式，尤其针对存在虚开刑事责任风险的，应当通过跟稽查局的充分沟通、证据材料的充分准备梳理，将风险在稽查程序中化解。
课程背景：截止2018年底，除港澳台之外的31省市均发布“两票制”实施方案。囿于现行药品定价机制，“两票制”无法从根本上实现降低药价的初衷，但“两票制”的推行对医药行业涉税风险格局产生重要影响，原来以“过票”“洗出”销售佣金的压力集中传导至制药企业，迫使其定价模式由底价低开转为高开，一方面造成销售费用激增，另一方面使其取得虚开进项票的风险加大。
